1968’de Erzurum’da doğdu. 1989’de Atatürk Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Bitki Koruma Bölümü’nden fakülte birincisi olarak mezun oldu. 1994’te Ohio State University, College of Food, Agricultural and Enviromental Sciences, Department of Plant Pathology’nden yüksek lisans ve 1997’de Doktora derecesini aldı. 1997-1998 yılları arasında Western Ontario University/Agri-Food CANADA, London, KANADA’da Klinik Mikrobiyoloji’de doktora sonrası araştırmacı olarak çalıştı. 1999’dan 2003’e kadar 5 yıl boyunca Atatürk Üniversitesi’nde çalıştıktan sonra Yeditepe Üniversitesi Mühendislik Fakültesi’ne geçti.

Prof. Dr. Fikrettin Şahin, klinik, gıda, çevre ve bitki orijinli mikroorganizmaların moleküler tanısı, karakterizasyonu ve endüstriyel kullanımı olan biyolojik formülasyonların geliştirilmesi, antimikrobiyal malzeme geliştirilmesi ve üretimi, kök hücre, gen tedavi ve kanser konusunda bilimsel çalışmalar yapmaktadır. Şimdiye kadar yürüttüğü bilimsel araştırmalar kapsamında 554 bilimsel makale, 513 bildiri, 40 kitap bölümü, 7 adet kitap yazarlığı, 245 adet tescilli patent ve 300’den fazla patent başvurusu bulunmaktadır.

Prof. Dr. Fikrettin Şahin akademik hayatı boyunca yaptığı bilimsel çalışmalar nedeniyle ulusal ve uluslararası kurumlar tarafında çeşitli ödüllere laik görülmüştür. Halen Yeditepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Genetik ve Biyomühendislik Bölüm Başkanı, Biyoteknoloji Enstitü Müdürü, Ar-Ge ve Analiz Merkez Laboratuvarları Koordinatörü olarak görev yapmaktadır.  Prof. Dr. Fikrettin Şahin 2015-2018 Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Yönetim Kurulu Üyesi,  2012 yılında Türkiye Bilimler Akademi (TÜBA) Asli Üyesi, 2013-2019 yılları arasında TÜBA Konsey Üyesi olarak çalıştı.